Cổ Loa thế kỷ thứ XVI
Bước sang thế kỉ XVI, lịch sử Việt Nam bắt đầu một giai đoạn đầy biến động với những cuộc chiến tranh giữa các tập đoàn phong kiến khác nhau nhằm tranh giành quyền lực, đất nước luôn trong tình trạng rối ren, loạn lạc. Miền Cổ Loa ở kề giáp với kinh đô nên chịu ảnh hưởng của những biến động lịch sử càng lớn.
Ngay khi còn dưới triều Lê, Thái phó Mạc Đăng Dung nhiều lần phải trực tiếp cầm quân trấn áp các thế lực nổi dậy ở đây và cũng có lần không tránh khỏi thất bại. Mãi đến năm 1525, vùng Đông Ngàn, Kinh Bắc gần như mới được trấn yên. Tuy vậy, nhiều thế lực khác vẫn tiếp tục nổi lên ở khu vực Cổ Loa ngay trong thời kỳ trứng nước của nhà Mạc. Dưới thời Lê Trung hưng, chúa Trịnh cũng phải nhiều lần tổ chức các cuộc tấn công đánh dẹp các thế lực nổi dậy của địa bàn này… Như vậy, suốt dọc dài thế kỉ XVI, miền Kinh Bắc nói chung và miền Đông Ngàn nói riêng là địa bàn diễn ra nhiều biến động, chiến tranh binh lửa và nạn đói. Cổ Loa lúc này là một làng thuộc huyện Đông Ngàn nên cũng không tránh khỏi cơn lốc của những biến động dữ dội đó.
Những biến động này còn lưu dấu ấn lại trong tâm thức dân gian vùng Cổ Loa cho đến tận ngày nay. Truyền thuyết trong làng Cổ Loa kể lại rằng “thời Lê loạn, Mạc nổi, có 18 người đang tế lễ trong đền Tượng đã kéo nhau ra cõng vua Lê (?) và giấu trong đền, tránh được sự đuổi bắt của quân Mạc. Vì thế, để trừng phạt, nhà Mạc đã “xoay hướng đền Thượng” khiến dân Cổ Loa phải phiêu bạt”. Truyền thuyết tuy có chi tiết khác chính sử nhưng cũng đều cho thấy, Cổ Loa là một trong những địa bàn của huyện Đông Ngàn đã từng là căn cứ của lực lượng phò Lê diệt Mạc và khi nhà Mạc lên cầm quyền đã trừng phạt vùng đất này. Có thể đó là những biện pháp trừng phạt rất khắc nghiệt khiến dân Cổ Loa không chịu đựng nổi đã buộc phải đi phiêu tán khắp nơi. Sự việc này đã được dân gian giải thích như trong truyền thuyết trên là do hướng đền Thượng bị xoay, long mạch bị động khiến dân không thể yên ổn sinh cơ, làm ăn nên phải bỏ làng đi. Sự hợp lý của truyền thuyết này ở chỗ, xét những dòng họ cổ nhất ở Cổ Loa hiện tại cũng chỉ dân nhập cư đến từ nơi khác với lịch sử khoảng vài trăm năm. Những người dân này hẳn đã từ các địa phương khác kéo đến lập nghiệp tại vùng Cổ Loa khi làng này đã trở nên hoang vắng bởi sự di cư đi nơi khác của người dân gốc.
Sự việc Cổ Loa là địa bàn đứng chân quan trọng của các thế lực trung thành với nhà Lê còn được chứng thực qua các sắc phong, lệnh chỉ của các triều vua thời Lê – Trịnh cho làng. Sắc phong năm Cảnh Trị thứ 8 (1679) ghi rõ “Ngài [An Dương Vương] tư chất chính trực, đức tính thông minh… Âm phù quan quân diệt trừ họ Mạc, thu phục đất đai, một lần cử binh, tỏ rõ linh ứng”. Trong bản thần tích Thục An Dương Vương tiên đế triều ngọc phả cổ lục thượng đẳng thần do Nguyễn Bính soạn năm 1572 và Nguyễn Hiền sao lại ăm 1736 có ghi chi tiết “Bấy giờ, (Lê Lợi khởi binh ở Lam Sơn), quan thái úy nhà Lê cho quân tiến thẳng đến đền thờ Thục Đế, vào cầu đảo xin được thần âm phù giúp nước đánh giặc thành công. Nửa đêm Thục Đế hiện lên báo mộng… Lê Lợi lên ngôi, phong đền thờ vua Thục là Thượng đẳng phúc thần… Về sau, Lê Trang Tông thu phục được nước, thần âm phù giúp nước, lấy đền Cổ Loa làm đền thờ chính của cả nước”. Những chi tiết trên càng chứng thực Cổ Loa là một địa bàn quan trọng của các thế lực trung thành với vua Lê nổi lên chống triều Mạc.
Vì vai trò đó của Cổ Loa đầu thế kỷ XVI mà các vua Lê Trung Hưng rất coi trọng vùng đất này, đền thờ An Dương Vương được coi là đền thờ chính của cả nước, dân xã Cổ Loa được coi là dân hộ nhi tạo lệ, được miễn các loại sưu sai thuế dịch, chủ yếu phục vụ việc thờ cúng An Dương Vương. Những điều này được quy định rõ ràng, cụ thể trong các đạo lệnh chỉ sức cho làng Cổ Loa các năm Thịnh Đức 2 (1645), Cảnh Hưng 28 (1767), Cảnh Hưng 37 (1776), Quang Trung 2 (1790).
Trên bia đá Cung phụng sắc lệnh tôn phong chuẩn cấp khắc năm Chính Hòa 4 (1683) tại đền Thượng cũng quy định rõ “Các quan viên hương lão xã thôn trưởng cùng cả trên dưới toàn dân xã Cổ Loa hộ nhi tạo lệ huyện Đông Ngàn, phủ Từ Sơn về việc lập bia đá để ghi việc thờ cúng An Dương Vương hoàng đế đã được các triều đại ban sắc lệnh tôn phong… 50 mẫu ruộng để cúng tế, để coi trọng tự điển và phúc nước được dài lâu”. Cổ Loa được gia phong là thang mộc trung nghĩa xã, việc thờ cúng An Dương Vương được coi là một công việc có ảnh hưởng to lớn đến sự thăng trầm của vận nước. Cổ Loa trong tâm thức của các vua Lê – chúa Trịnh là một vùng đất thiêng liêng.
