Tầng văn hóa thời Lê trong khu khảo cổ 18 Hoàng Diệu
Trên cùng của các tầng văn hóa chồng xếp phát lộ tại khu khảo cổ 18 Hoàng Diệu là tầng văn hóa thời Lê (thế kỷ thứ XV đến thế kỷ thứ XVIII). Ở tầng văn hóa này, các nhà khảo cổ đã phát hiện các dấu tích của các công trình kiến trúc xây dựng bằng gạch vồ, hệ thống giếng nước, các loại ngói thanh lưu ly, hoàng lưu ly trang trí rồng 5 móng chuyên dùng để lợp mái cung điện của nhà vua và các loại đồ sứ ngự dụng dành riêng cho nhà vua, một số đồ dùng bằng kim loại.
Các trụ móng sỏi thời Lê có gia cố sỏi nhưng sơ sài hơn rất nhiều và ở độ sâu cao hơn các trụ móng sỏi thời Lý – Trần. Nói cách khác các trụ móng sỏi Lê nằm ở mặt bằng cao hơn mặt bằng Lý – Trần. Các chân đá tảng cũng không được chạm khắc hình hoa sen cầu kỳ như thời Lý – Trần. Điều này có thể được lý giải như sau: Thời nhà Lê, Nho giáo chiếm lĩnh vị trí số 1, Phật giáo không còn là tôn giáo độc tôn. Bởi vậy, các hình tượng đài, bông hay cánh sen không còn được dùng phổ biến nữa. Bệ chân cột thời Lê vì thế cũng không có hình tượng hoa sen trang trí. Nó chỉ đơn thuần là tảng đá hình vuông, trên có khắc vòng tròn để đỡ chân cột.
Giếng nước thời Lê được xếp hầu như toàn bộ bằng đá, bao gồm đá chân tảng, đá hộc hay đá phiến. Đây là một bước tiến trong kỹ thuật làm giếng khơi, bởi đá có tác dụng thanh lọc nước ngầm rất tốt. Bởi vậy, nước giếng khơi được xây dựng bằng đá thường có độ trong, mát và ngọt cao hơn so với giếng xếp bằng gạch đỏ thông thường.
Di vật gốm gốm sứ thời Lê được tìm thấy rất nhiều trong khu khảo cổ 18 Hoàng Diệu. Đặc biệt, đồ gốm sứ tráng men trắng mỏng thời Lê trang trí hình rồng có chân 5 móng sắc nhọn, khỏe khoắn, ở giữa in chữ Quan, và đồ gốm hoa lam cao cấp vẽ hình rồng, phượng với đường nét rất tinh xảo được đánh giá là đạt đến đỉnh cao của sự hoàn hảo. Đồ sứ trắng mỏng thời Lê chủ yếu là loại bát đĩa nhỏ, có xương gốm mỏng như vỏ trứng, khi soi trước ánh sáng có thể nhìn thấy hoa văn trang trí lớp trong. Rồng 5 móng in nổi là biểu tượng của rồng đế vương, dấu hiệu rõ ràng nhận biết rằng đó là đồ ngự dụng. Chữ Quan ở giữa lòng đĩa có thể hiểu là sản phẩm của lò quan (quan diêu), hay đồ dùng dành cho vua quan (quan dụng). Do được chế tạo với loại xương gốm rất mỏng nên trọng lượng của những vật dụng này rất nhẹ. Bên cạnh đồ sứ trang trí hình tượng rồng 5 móng dành riêng cho nhà vua, tại khu vực Hoàng Diệu, các nhà khảo cổ còn tìm được rất nhiều đồ gốm được trang trí bằng hình chim phượng là đồ dùng của các bà hoàng.
Nhìn chung, các di vật khảo cổ được tìm thấy ở tầng văn hóa thời Lê phản ánh khá rõ hệ tư tưởng thượng tôn của một xã hội tôn sùng Nho giáo. Điều đó được thể hiện qua cách thức trang trí, chạm khắc mang tính khuôn phép rõ rệt.