Cổ Loa từ sau thế kỷ XVI – thế kỷ XVIII
Từ sau thế kỷ XVI, lịch sử vùng đất Cổ Loa lại bước sang một trang mới. Gần một thế kỉ chịu tác động của những biến động lớn đã ảnh hưởng trực tiếp đến quá trình nông thôn hóa tại đây bởi cư dân Cổ Loa gốc đã bị nhà Mạc đuổi đi phiêu tán, những làng xóm đã hình thành trong các thế kỷ XI – XV trong phạm vi khu thành cổ có lẽ đã bị xáo trộn nghiêm trọng bởi binh đao, loạn lạc. Chính những biến cố này đã ảnh hưởng đến quá trình phát triển của làng xã Cổ Loa, khiến cho quá trình tụ cư tại đây dường như lại quay trở về với mốc khởi điểm, do những nhóm cư dân từ các địa phương kh ác trong nước di cư đến.
Bắt đầu từ cuối thế kỷ XVI – đầu thế kỷ XVII, Cổ Loa chứng kiến sự di cư đến của nhiều nhóm cư dân từ các địa phương đến khác đến sinh cơ lập nghiệp. Gia phả các dòng họ lâu đời nhất của xã Cổ Loa cho thấy tổ tiên họ di cư đến đây vào khoảng thời gian này. Bia nhà thờ họ Đào tại xóm Chợ cho biết họ định cư tại đây khoảng được 400 năm. Các dòng họ sớm nhất cũng chỉ có khoảng 12 – 15 đời như họ Nguyễn Đăng ở xóm Mít đã trải qua 13 đời, họ Nguyễn Kim ở xóm Gà – xóm được coi là cổ nhất của Cổ Loa đến nay cũng mới chỉ có 15 đời, hộ Lại ở Lan Trì 14 đời. theo nguồn tư liệu văn bia và điễn dã thì ở Cổ Loa có 4 dòng họ lớn và lâu đời nhất là các họ nguyễn, Đào, Hoàng, Trương định cư tại Cổ Loa khoảng 300 – 400 năm. Còn các dòng họ khác mới chỉ về định cư tại Cổ Loa khoảng 5 – 7 đời. Cổ Loa hiện nay có tới 62 dòng họ, trong đó các họ lớn là Nguyễn, Đào, Hoàng, Trương, Lại, Đỗ, Chu, Tái, Phạm, Trần, Vũ, Chử, Lê, Hà, Đặng, Cao, Bùi, Ngô, Dương, Đồng, Vương… So với các làng xã khác thuộc đồng bằng trung du Bắc Bộ thì só lượng các dòng họ ở Cổ Loa là khá nhiều, một phần do Cổ Loa là xã có diện tích khá lớn, nhưng phần chủ yếu vì Cổ Loa là xã của dân nhập cư.
Sau khi dân gốc Cổ Loa đi phiêu tán, đây đã trở thành nơi hoang vắng thuận lợi cho việc định cư của người từ các địa phương khác đến. Họ từ rất nhiều nơi đến sinh tụ tại Cổ Loa song quá trình chiếm lĩnh vùng đất mới này là một quá trình dần dần. Gia phả các dòng họ tại Cổ Loa còn cho thấy nguoòn gốc của cư dân Cổ Loa rất đa dạng: Xóm Gà có họ Nguyễn Kim từ Thường Tín, xứ Sơn Nam đến; họ Trương ở xóm Hương từ Hà Đông, Sơn Nam Thượng sang… Đặc biệt, tại Cổ Loa có rất đông các dòng họ từ vùng Thanh Nghệ vốn có liên quan mật thiết với đội quân Lê – Trịnh kéo ra Bắc diệt Mạc hồi thế kỉ XVI. Họ định cư tại các địa bàn xung yếu hay các vùng ven nơi đóng quân, trong đó Cổ Loa là một vị trí quan trọng.
Các dòng họ khi đến Cổ Loa thường tập trung sinh tụ trong một địa vực nhất định, dần dà giữa các họ ở gần nhau có quan hệ láng giềng gắn bó đã cùng nhau lập thành các xóm. Ở Cổ Loa mỗi xóm thường là đơn vị cư trú của một số dòng họ nhất định như xóm Chùa có họ Nguyễn Văn, Trương, Chu, Hoàng, Lại, Đỗ ; xóm Chợ họ Đào, Nguyễn Tái : xóm Gà có họ Nguyễn Kim, Đỗ, Hoàng ; Xóm Lan Tri có họ Lại, Đỗ, Đào, Hà ; xóm Nhồi dưới có họ Hoàng, Lai, Trương..
Theo tư liệu dân gian thì ban đầu, các dòng dọ chỉ định cư tại ngay chính khu thành cổ, lấy bờ đất thành làm ranh giới tự nhiên để phân tách các xóm. Chín xóm đầu tiên được thành lập giai đoạn này chủ yếu nằm trong vùng Thành Nội và thành Trung. Đất Thành Nội dựng thành xóm chùa, xóm Chợ, đất Thành Trung dựng lên xóm Nhồi, xóm Vang, xóm Gà, Xóm Lan Trì, xóm Dõng, Xóm Thượng, xóm Hương.
Mặt khác, các dòng họ ngày càng phát triển mạnh mẽ, bên canh sự phân chí còn có việc tách họ thành nhiều bộ phận và có sự chuyển cư từ xóm đông dân sang các địa bàn thưa thớt hơn. Ví dụ như họ Trương, họ Nguyễn của xóm Hương là dân di cư từ xóm Chùa và xóm Vang sang: họ Lê ở xóm Mít di cư từ xóm Thượng sang; họ Nguyễn tại xóm Gà di cư từ xóm Chùa tới…. Từ sự cư trú tập trung ban đầu, sự chuyển cư và một số nguyên nhân khác dẫn đến sự cư trú đan xen giữa các dòng họ.
Những dòng họ lớn định cư ở Cổ Loa từ sớm có số thành viên tăng nhanh và đông đảo nhất nên họ có mặt tại tất cả các thôn xóm của Cổ Loa. Sự chuyển cư từ địa bàn đã có đông dân sinh sống sang địa bàn còn thưa thớt – chủ yếu là mở rộng ra vòng thành ngoại – là nguyên nhân dẫn tới sự hình thành những xóm mới bên cạnh 9 xóm cư trú đầu tiên : xóm Bãi, xóm Mít và Trại Xóm Vang, Từ Xóm Vang, một bộ phận dân cư đã vượt vòng Thành Ngoài ra ngoài phạm vi ba vòng thành sinh sống nhưng chỉ bao gồm một số họ, họ đã thành lập một xóm nhỏ mới lấy tên gọi là Trại xóm Vang. Còn những cư dân đầu tiên của xóm Bãi là một người đến từ xóm Chùa và 2 người đến từ xóm Vang, xóm Mít có thêm một số người từ Thanh Hóa ra định cư, dòng họ chủ yếu của xóm này là Nguyễn Đăng, Lê, Trần. Nhưng các xóm này ban đầu chỉ là những khu vực cư trú nhỏ nên chưa được coi là một xóm độc lập. Cùng với quá trình phát triển của các dòng họ tại đây, những khu vực này dần trở thành một xóm độc lập và khi đó mới được sát nhập vào với các xóm ở Cổ Loa Niên đại sát nhập các xóm này là năm 1704.
Như vậy, khoảng đầu thế kỷ XVIII lăng Cổ Loa có tất cả 11 xóm, bao gồm 9 xóm có cộng thêm xóm Bãi và xóm Mít, trại xóm Vang sát nhập vào xóm Vang nếu không tính riêng thành một xóm.
Sự quy tụ và phát triển của các dòng họ trên đất Cổ loa từ cuối thế kỷ XVI là cơ sở hình thành nên những đơn vị cư trú – xóm làng, từ các xóm nhỏ hợ thành những đơn vị lớn hơn – giáp. Nguồn tư liệu dân gian ở Cổ Loa cho thấy, giáp tại khu vực này thường là hợp lại của một số xóm có địa vực gần nhau. Sự phát triển cụ thể của cơ cấu xóm làng tại Cổ Loa nhưu thế nào trong thời kỳ này đến nay có nhiều vấn đề cần phải tiếp tục nghiên cứu, nhưng vẫn có thể khẳng định làng Cổ Loa được hợp thành từ nhiều bộ phận gồm các thôn xóm khác nhau và nhân tố chính để kết lối các bộ phận này vào thành một làng chung ngoài lý do có sự gần gũi đan xen về địa vực cư trú còn có tác động của nhân tố tinh thần.
Cư dân chủ yếu của Cổ Loa lúc này là dân nhập cư. Đến sống ở một vùng đất lạ nhưng lại có lịch sử lâu đời và oai hùng, họ đã biến lịch sử Cổ Loa thời kỳ trực rỡ nhất – thời An Dương Vương thành điểm tựa tinh thần của mình. Họ tụ cư thành các xóm trên khu thành cổ, cùng nhau thờ phungj An Dương Vương và gắn kết với nhau trong tình làng, nghĩa xóm. Vì vậy, có thể coi sự kiện xây dựng đền Thượng thờ An Dương Vương là thời điểm cư dân các xóm ở Cổ Loa đã hợp nhất thành một làng lớn. Đền Thượng hiện nay không xác định được thời điểm xây dựng nhưng xét theo những tấm bia đá cổ nhất hiện nay còn lại nhà bia của đền : bia Tạo lập thạch bi lập năm 1654, bia Cung phụng sắc lệnh tôn phong chuẩn cấp lập năm 1683, bia Nhiêu miễn tô dịch khắc chí lập năm 1684, bia ký phụng sự tích lập năm 1711 … thì có thể phỏng đoán niên đại xây dựng đền vào khoảng thế kỷ XVII, Làng Cổ Loa, vì thế, cũng được hình thành với tư cách một làng lớn thống nhất gồm nhiều thôn xóm có lẽ cùng thời gian này. Văn bia đền Thượng cho biết thế kỷ XVIII có việc tranh chấp đất đai giữa Cổ Loa với Dục Tú và trong văn bia nói rõ phần đất tranh chấp là của chung làng Cổ Loa chứ không phải là của riêng xóm nào. Điều này chứng tỏ, thể kỷ XVIII, Cổ Loa đã là một làng riêng, độc lập với các làng xã khác trong khu vực.
Do vậy, cuối thể kỷ XVII rất có thể là thời điểm đánh dấu sự hợp nhất các xóm ở Cổ Loa thành một làng lớn và cũng là mốc đánh dấu quá trình hình thành làng xã tại đây. Các lệnh chỉ của vua Lê – Chúa Trịnh nửa cuối XVII như lệnh chỉ các năm 1671, 1864.. đã ghi rõ là xã Cổ Loa, Huyện Đông Ngàn.
Như vậy, vào thời điểm cuối XVII, từ trang Cổ Loa thời Lê Sơ, Cổ Loa đã trở thành một làng hợp nhất từ nhiều xóm đồng thời cũng là một xã – một đơn vị hành chính cấp cơ sở trong hệ thống chính quyền phong kiến. Từ nửa cuối XVI đến nửa cuối XVII, sau gần một thế kỷ định cư và cùng sinh sống, dân cư tứ xứ đến Cổ Loa đã biến khu vực này thành một vùng nông thông phát triển.
Thế kỷ XVII, sự kiện nổi bật nhất là tranh chấp đất đai giữa Cổ Loa và làng Dục Tú. Sự kiện này còn được ghi chép khá cụ thể trên các bia Pháp điện sắc lệnh khắc năm Vĩnh Thịnh 4 ( 1708), Xã hội bằng tích khắc năm ,Vĩnh Thinh 17 ( 1717) , Đông thành bi kỷ khắc năm Duy Tân 8 ( 1919). Khu đất tranh chấp ở phía đông của Thành Cổ Loa – Khu chợ Sa, Xã Cổ Loa và Dục Tú cùng chung nhau buôn bán tại khu chợ Sa, nhưng theo điền bạ thì khu chợ này thuộc về xã Cổ Loa. Tuy vậy, để giữ mối hòa hảo xã Cổ Loa không thu tiền chợ của người làng Dục Tú, do vậy gần như ranh giới giữa hai làng bị xóa nhòa. Tuy nhiên, xã Dục Tú đã khai thêm diện tịch chợ và các loại ruộng tế, ruộng quan buộc làng Cổ Loa phải khởi kiện để giành lại đất của làng mình. Sự việc kéo dài, đến năm 1708 mới kết thúc, khu đất này thuộc về Cổ Loa. Để khẳng định rõ quyền sở hữu khu đất này tránh việc tranh chấp về sau, làng Cổ Loa đã lập bia Pháp điện sắc lệnh ngay trong năm 1708.
Ngoài ra, còn diễn ra vụ tranh chấp xung quanh khu ruộng tế của xã Lương Quán và Dục Tú rộng 50 mẫu tiếp giáp địa phận thành đất của xã Cổ Loa. Do dân hai xã Lương Quán và Dục Tú ở xa nên thường bán đất cho dân Cổ Loa cày cấy, trong khi viên nội giám Thực lục bá Hoàng Như Long lại chiếm ruộng thờ tự của làng Cổ Loa để canh tác. Quan trên đã phân xử buộc Thực lục bá phải trả lại ruộng cho làng Cổ Loa để phục vụ việc thờ cúng An Dương Vương, còn cho phép ông được sử dụng 6 mẫu ruộng tế của làng Lương Quán và Dục Tú tiếp giáp địa Phận Cổ Loa với điều kiện phải nộp thuế đầy đủ hàng năm.
Ký ức dân gian về An Dương Vương, nước Âu Lạc là nhân tố gắn kết các xóm nhỏ trong làng thành một đơn vị tụ cư rộng lớn – làng Cổ Loa và cũng là nhân tố gắn kết cả làng Cổ Loa với những làng xung quanh. Cổ Loa đã kết nghĩa với 7 làng khác cùng thờ An Dương Vương, hình thành nên bát xã hộ nhi gồm Cổ Loa, Cầu Cả, Sàn Gĩa, Đìa Bi, Văn Thượng, Mạch Tràng, Thư Cưu, Ngoại Sáo có quên hệ gắn bố chặt chẽ với nhau. Vào ngày lễ hội đền Thượng, cả tám làng cùng nhau đóng góp tiền của tổ chức. Trong lễ rước kiệu thánh An Dương Vương, các làng có sự sắp xếp thứ tự, phân định rõ ràng theo vai vế.
Bên cạnh đền Thượng, để tiện việc thờ cúng và cũng để có nơi cho cả làng tụ hợp trong các dịp lễ hội và bàn việc chung, vào cuối thế kỷ XVII, một ngôi đình chung của làng đã được xây dựng trên khu đất tương truyền là nơi thiết triều cũ của vua An Dương Vương – đình Ngự triều di quy. Tương truyền đình được chuyển từ Rừng Mành Tam Tảo về nên làng Cổ Loa sau kết nghĩa cả hai làng này. Đình Ngự triều di quy nằm trong quần thể cụm đình, chùa Bảo Sơn, am thờ My Châu. Vào cuối thể kỷ XVII, làng Cổ Loa đã có cả đình, đền, chùa, am làm nơi thờ tự giống như các làng khác ở Bắc Bộ.
Ngoài đất đai để làm nhà ở sinh hoạt, cư dân đến Cổ Loa đã nhanh chóng cải tạo, diến những diện tích đất còn lại thành ruộng đồng canh tác, sản xuất nông nghiệp. Những đoạn còn lại của hào thành – nay đã cạn nước – được biến thành những dọc ruộng trồng lúa chiêm hoặc thành những kênh mương có chức năng dẫn nước, phục vụ việc làm thủy lợi. Nhiều diện tích đất cao biến thành ruộng trồng mầu. Nhiều đoạn thành đất còn lại được sử dụng làm đê ngăn chặn lũ lụt, bảo vệ mùa màng.
Ngoài việc sản xuất nông nghiệp, trong làng đã phát triển một số nghề thủ công gắn chặt với các dịp tế lễ An Dương Vương như nghề làm bỏng chủ, nghề làm bánh dầy, Bỏng, bánh dầy đều là hai loại đồ cúng không thể thiếu trong các lễ hội tại đền. Người dân Cổ Loa còn chạy chợ, buôn bán nhỏ tại khu chợ Sa với các làng xóm xuanh quanh. Và chợ Sa đem lại nguồn thu không nhỏ cho làng Cổ Loa.